NCBI adalah instansi yang bertanggung jawab untuk menciptakan sistem otomatis untuk menyimpan dan menganalisis profesi yang berkembang pesat data genetik dan molekuler.
Sejarah NCBI atau disebut dengan National Center for Biotechnology Information (NCBI) adalah multi-disiplin kelompok penelitian yang berfungsi sebagai sumber daya untuk informasi biologi molekuler. Ini dibentuk pada tahun 1988 sebagai pelengkap kegiatan dari Institut Kesehatan Nasional (NIH) dan National Library of Medicine (NLM). Fasilitas terletak di Bethesda, Maryland, Amerika Serikat. Awalnya, penciptaan NCBI dimaksudkan untuk membantu dalam memahami mekanisme molekuler yang mempengaruhi kesehatan manusia dan penyakit dengan tujuan berikut: untuk membuat dan memelihara database publik, mengembangkan perangkat lunak untuk menganalisis data genom, dan untuk melakukan penelitian dalam biologi komputasi. Dalam waktu, dan melalui penggunaan luas dari Internet, NCBI menjadi semakin sadar akan peran penelitian biologi murni. Biologi molekular menjadi sebagai tokoh sebagai penelitian biomedis. Hal ini terbukti sebagai database khusus berbagai sedang diciptakan oleh NCBI, untuk melengkapi mereka yang berurusan langsung dengan kesehatan manusia.
Dalam pencarian dari sel-sel hidup merupakan pencarian biologi molekuler modern. Adanya data molekuler dan memiliki pola yang halus menjadi syarat mutlak untuk database komputerisasi dan alat-alat analisis.
Tantangannya adalah dalam mencari pendekatan baru untuk berurusan dengan volume dan kompleksitas data dan dalam menyediakan peneliti dengan akses yang lebih baik untuk analisis dan alat komputasi untuk meningkatkan pemahaman dari warisan genetik kita dan perannya dalam kesehatan dan penyakit. Untuk itu telah di temukan suatu program yaitu (National Center Biotehnology Informasi). Para NCBI telah memiliki tanggung jawab untuk membuat database GenBank tersedia urutan DNA. GenBank berkoordinasi dengan laboratorium individu dan database urutan lainnya seperti Biologi Laboratorium Molekuler Eropa dan DNA Data Bank of Japan (DDBJ). NCBI telah berkembang untuk menyediakan database lain selain GenBank. NCBI menyediakan Warisan Mendel Online di Man, Database Modeling Molekuler (struktur protein 3D). Adapun NCBI mempunyai alat software yang tersedia dengan browsing WWW atau melaluiTP. Sebagai contoh, BLAST adalah kesamaan urutan program yang mencari. BLAST dapat melakukan perbandingan urutan DNA terhadap database GenBank.
Tujuan :
1. Mengetahui Tujuan dari NCBI dan tugas yang dilakukan dalam NCBI
2. Mengetahui program dan kegiatan NCBI
1. a. Tujuan dalam NCbi
Sumber daya nasional untuk informasi biologi molekuler (NCBI), memiliki tujuan yaitu untuk mengembangkan teknologi informasi baru untuk membantu dalam pemahaman proses molekuler dan genetik yang mendasar yang dijadikan sebagai mengontrol kesehatan dan penyakit. Khususnya, NCBI telah diisi dengan menciptakan sistem otomatis untuk menyimpan dan menganalisis pengetahuan tentang biologi molekuler, biokimia, genetika dan memfasilitasi penggunaan database tersebut dan perangkat lunak oleh penelitian dan komunitas medis. Adanya koordinasi untuk mengumpulkan informasi bioteknologi baik secara nasional dan internasional, telah dilakukan penelitian metode canggih berbasis komputer pengolahan informasi untuk menganalisis struktur dan fungsi molekul biologis penting.
b. Tugas Yang di lakukan dalam NCBI
Dalam melakukan tugasnya NCBI telah melakukan tugas sebagai berikut :
NCBI melakukan penelitian pada masalah biomedis mendasar di tingkat molekul menggunakan metode matematis dan komputasi untuk mempertahankan kerjasama dengan beberapa lembaga NIH, akademisi, industri, dan lembaga pemerintah lain mendorong komunikasi ilmiah dengan pertemuan mensponsori, lokakarya, dan serangkaian cerama
- NCBI mendukung pelatihan pada penelitian dasar dan terapan dalam biologi komputasi untuk rekan-rekan postdoctoral melalui Program Penelitian NIH Intramural yang melibatkan anggota masyarakat ilmiah internasional dalam penelitian dan pelatihan informatika melalui Program Pengunjung Ilmiah dalam mengembangkan, mendistribusikan, mendukung, dan koordinasikan akses ke berbagai database dan perangkat lunak untuk masyarakat ilmiah dan medis
- NCBI mengembangkan dan mempromosikan standar untuk database, deposisi data dan pertukaran, serta tata-nama biologi
2. Program dan Kegiatan
a. Penelitian Dasar
NCBI memiliki kelompok penelitian multi-disiplin yang terdiri dari ilmuwan komputer, ahli biologi molekular, matematikawan, ahli biokimia, dokter penelitian, dan ahli biologi struktural berkonsentrasi pada penelitian dasar dan terapan dalam biologi molekular komputasi. Penelitian ini tidak hanya membuat kontribusi penting untuk ilmu pengetahuan dasar, tetapi memiliki fungsi sebagai metode baru untuk kegiatan penelitian terapan. Dengan adanya program NCBI masalah biomedis mendasar di tingkat molekul menggunakan metode matematika dan komputasi. Sebuah contoh dari proyek penelitian saat ini meliputi: deteksi dan analisis organisasi gen, pola urutan berulang, domain protein dan elemen struktur, pembuatan peta gen dari genom manusia, pemodelan matematika kinetika infeksi HIV, analisis pengaruh kesalahan sekuensing untuk mencari database, pengembangan algoritma baru untuk mencari database dan beberapa sequence aligment, konstruksi non-berlebihan urutan database, model matematika untuk estimasi signifikansi statistik kesamaan urutan, dan model vektor untuk pencarian teks. Peneliti NCBI memelihara kolaborasi berkelanjutan dengan beberapa lembaga dalam NIH dan juga dengan berbagai laboratorium penelitian akademis dan pemerintah.
b. Database dan Software
NCBI mendukung dan mendistribusikan berbagai database untuk komunitas medis dan ilmiah sebagai contoh :
- Pewarisan Mendel Online di Man (OMIM)
- Database Modeling Molekuler (MMDB) dari struktur protein 3D
- Koleksi Unik Gene urutan Manusia (UniGene)
- Peta Gene dari Human Genome,
- Browser taksonomi,
- Genome Kanker Proyek Anatomi (CGAP),
Manfaat NCBI:
Pusat Informasi Bioteknologi Nasional (NCBI) di situs , telah didirikan sejak tahun 1988 sebagai sebuah sumber nasional untuk informasi biologi molekuler. NCBI membuat database yang dapat diakses secara umum, mengembangkan alat bantu software untuk menganalisis data genom dan menyebarkan informasi biomedik yang semuanya untuk pemahaman yang lebih baik terhadap proses molekuler yang berdampak pada kesehatan dan penyakit manusia. NCBI adalah sebuah lembaga maya yang sangat berguna untuk menyediakan sekaligus tempat untuk menelusuri informasi berharga. Beberapa database yang tersedia di NCBI dan dapat dipertanggungjawabkan meliputi database bank gen skuens DNA yang mengandung lebih dari 9.103.000 skuens nukleotida yang tercatat pada Oktober 2000, database model molekuler (Molecular Modeling Database = MMDB) yang terdiri dari struktur tiga dimensi protein sebagai alat bantu visualisasi dan analisis perbandingan, serta database pola pewarisan mendel pada manusia (Online Mendelian Inheritance in Man = OMIM) yang merupakan katalog bagi kelainan gen dan genetik pada manusia.
Keuntungan yang diperoleh baik oleh guru maupun siswa adalah bahwa NCBI telah mengembangkan sebuah cara yang sederhana untuk menganalisis dan mengakses semua informasi ini. ”Entrez” adalah sebuah sistem untuk pencarian dan menemukan kembali yang mengintegrasikan urutan nukleotida, urutan protein, dan struktur makromolekul seluruh genom, serta literatur ilmiah. Keuntungan sistem ini adalah bahwa semua database ini saling berhubungan satu dengan yang lain. Sebuah kemungkinan mengakses dengan mudah sekuens protein, memperoleh literatur protein tersebut, pengujian secara klinik terhadap kelainan protein yang diperoleh dari penyakit cacat, dan menganalisis lokasi gen pada kromosom, semuanya dapat dilakukan dengan klik pada sebuah tombol. Hal ini merupakan sebuah cara yang yang tersedia di NCBI yang sangat berguna untuk memulai menganalisis sejumlah informasi yang tidak masuk akal.
Pusat Informasi Bioteknologi Nasional (NCBI) di situs , telah didirikan sejak tahun 1988 sebagai sebuah sumber nasional untuk informasi biologi molekuler. NCBI membuat database yang dapat diakses secara umum, mengembangkan alat bantu software untuk menganalisis data genom dan menyebarkan informasi biomedik yang semuanya untuk pemahaman yang lebih baik terhadap proses molekuler yang berdampak pada kesehatan dan penyakit manusia. NCBI adalah sebuah lembaga maya yang sangat berguna untuk menyediakan sekaligus tempat untuk menelusuri informasi berharga. Beberapa database yang tersedia di NCBI dan dapat dipertanggungjawabkan meliputi database bank gen skuens DNA yang mengandung lebih dari 9.103.000 skuens nukleotida yang tercatat pada Oktober 2000, database model molekuler (Molecular Modeling Database = MMDB) yang terdiri dari struktur tiga dimensi protein sebagai alat bantu visualisasi dan analisis perbandingan, serta database pola pewarisan mendel pada manusia (Online Mendelian Inheritance in Man = OMIM) yang merupakan katalog bagi kelainan gen dan genetik pada manusia.
Keuntungan yang diperoleh baik oleh guru maupun siswa adalah bahwa NCBI telah mengembangkan sebuah cara yang sederhana untuk menganalisis dan mengakses semua informasi ini. ”Entrez” adalah sebuah sistem untuk pencarian dan menemukan kembali yang mengintegrasikan urutan nukleotida, urutan protein, dan struktur makromolekul seluruh genom, serta literatur ilmiah. Keuntungan sistem ini adalah bahwa semua database ini saling berhubungan satu dengan yang lain. Sebuah kemungkinan mengakses dengan mudah sekuens protein, memperoleh literatur protein tersebut, pengujian secara klinik terhadap kelainan protein yang diperoleh dari penyakit cacat, dan menganalisis lokasi gen pada kromosom, semuanya dapat dilakukan dengan klik pada sebuah tombol. Hal ini merupakan sebuah cara yang yang tersedia di NCBI yang sangat berguna untuk memulai menganalisis sejumlah informasi yang tidak masuk akal.
BLAST adalah program untuk mencari kesamaan urutan dikembangkan di NCBI dan berperan dalam mengidentifikasi gen dan fitur genetik. BLAST dapat mengeksekusi pencarian urutan terhadap database seluruh DNA dalam waktu kurang dari 15 detik. Perangkat lunak tambahan yang disediakan oleh NCBI meliputi: Membaca Buka Bingkai Finder (ORF Finder), Elektronik PCR, dan alat-alat urutan penyerahan, payet dan BankIt. Semua database NCBI dan alat-alat perangkat lunak yang tersedia dari WWW atau FTP. NCBI juga memiliki server email yang menyediakan cara alternatif untuk mengakses database untuk mencari teks atau mencari urutan kesamaan.
Ada beberapa program dalam ncbi ini yang utama dalam BLAST, yaitu:
1. nucleotide blast (blastn) : membandingkan suatu sekuen nukleotida yang kita miliki baik dengan data base maupun langsung dengan data sekuen nukleotida.
2. protein blast (blastp) : membandingkan suatu sekuen asam amino yang kita miliki baik dengan data base maupun langsung dengan data sekuenprotein.
3. blastx : membandingkan produk translasi konsep 6-frame sebuah sekuen nukleotida (translated nucleotide) yang kita miliki dengan database sekuen protein
4. tblastn : membandingkan suatu sekuen protein yang kita miliki dengan database sekuen nukleotida yang secara dinamis ditranslasi pada semua pembacaan 6 frame.
5. tblastx : membandingkan suatu translasi 6 frame dari nukleotida.
2. protein blast (blastp) : membandingkan suatu sekuen asam amino yang kita miliki baik dengan data base maupun langsung dengan data sekuenprotein.
3. blastx : membandingkan produk translasi konsep 6-frame sebuah sekuen nukleotida (translated nucleotide) yang kita miliki dengan database sekuen protein
4. tblastn : membandingkan suatu sekuen protein yang kita miliki dengan database sekuen nukleotida yang secara dinamis ditranslasi pada semua pembacaan 6 frame.
5. tblastx : membandingkan suatu translasi 6 frame dari nukleotida.
Kesimpulan
Adapun kesimpulan yang dapat di ambil dalam mengetahui arti dari National Center Biotehnology Informasi :
1. NCBI mendorong komunikasi ilmiah di bidang komputer, seperti yang diterapkan untuk biologi molekuler dan genetika, oleh pertemuan mensponsori, lokakarya, dan serangkaian ceramah.
2. Program NCBI telah dibentuk untuk mendorong kolaborasi dengan para ilmuwan luar sekolah. Posisi postdoctoral fellow tersedia sebagai bagian dari Program Penelitian NIH Intramural.
Sumber ; http://www.ncbi.nlm.nih.gov/About/glance/programs.html
Sumber ; http://www.ncbi.nlm.nih.gov/About/glance/programs.html
Terjemah dari : http://translate.google.co.id/?hl=id&tab=wT
Langgan: Entri (Atom)
Tidak ada komentar:
Posting Komentar